По-умолчанию в Lion включена функция восстановления окон при закрытии и повторном открытии приложений. Срабатывает функция Resume при перезагрузке системы или при выходе из приложения (cmd-q) без предварительного закрытия всех окон.
Если вас такое поведение напрягает, то функцию восстановления окон можно отключить совсем. Системные настройки → Основные → Восстанавливать окна при закрытии и повторном открытии программ. Галку убрать — и вуаля.
Иногда восстановление окон глючит — у товарища перестал нормально работать Libreoffice — тогда можно прибегнуть к выборочному удалению сохраненных состояний программ. Все данные об открытых окнах приложений складываются в папку ~/Library/Saved Application State/.
В OS X Lion папка ~Library по-умолчанию скрыта и не отображается в Файндере, так что вам нужно либо включить отображение этой папки (“chflags nohidden ~/Library/” в Терминале) либо перейти туда вручную — открыть Finder, cmd-shift-g, ввести путь.
В папке ~/Library/Saved Application State/ ищем нужное приложение по названию и удаляем соответствующий ему каталог. Это решение временное, после следующего запуска приложения папка будет снова создана и состояние снова сохранится.
К сожалению, Lion не позволяет выборочно отключить или включить сохранение и восстановление окон для определенных программ, только глобально для всех программ.
Кстати, в Libreoffice у меня вообще не сохраняются открытые окна, во всяком случае если открыть их и выйти из программы по command-q, с перезагрузкой не пробовал. Папка org.libreoffice.script.savedState имеется, но программа все равно стартует без восстановления прежних окон. Список документов можно увидеть, нажав правой кнопкой на иконку в доке (control-click), а самих окон нет.
Комментария 2